Wie Roxas schon sagte, befindet sich Ven's Körper immer noch in der Kammer der Ruhe.
(Xemnas wusste ja nicht mehr das Ventus ein Richtiger Mensch und kein Niemand war)
Allein schon durch die Motivation, die Xemnas aufwendet um diese eine Kammer, in der Ven schläft, zu finden. (Axels Missionen im Schloss des Entfallens usw.), zweifle ich daran, dass er wirklich alles vergessen hat. Wenn er auch Aquas Rüstung als "alten Freund" bezeichnet.
Ist bei Soras verwandlung in einen Herzlosen sein Herz freigesetzt und in seinen Körper übergegangen (natürlich Gedächtinsverlust) was die entstehung von Roxas zu Folge hatte (Xemnas wusste ja nicht mehr das Ventus ein Richtiger Mensch und kein Niemand war)
Nachdem Sora sein Herz in Hollow Bastion freigegeben hat, ist Roxas entstanden, ob Vens Herz dabei aber in Roxas gelangte, als in Soras Körper verblieb, oder ob es zusammen mit Sora's Herz seinem Körper entkam, wissen wir nicht. Selbst Nomura hält sich bei Interviewfragen diesbezüglich bedeckt, was für mich ehrlich gesagt nach einem deutlichen "Ja, Ven's Herz war in Roxas!" klingt, aber gut, mal erst warten, inwieweit das noch in Zukunft bestätigt wird.
Und wenn man den Zustand von Ven in der Szene, wo MX ihn zum Land des Aufbruchs bringt, mit dem von Roxas am Anfang von Days vergleicht (apathisch, leere Augen, keine Erinnerungen usw), sehe ich da durchaus Parallelen, weshalb ich glaube, dass die Fragmente von Vens Herz sich tatsächlich in Roxas befinden.
Ich bezweifle allerdings, dass Ven's Herz Sora nun verlassen hat, nachdem Roxas digitalisisert wurde.
Spoiler für Re:coded
Denn dann wäre Ventus ja erwacht, säße jetzt im Schloss des Entfallens fest (immerhin weiß nur Aqua, wie man dort zurecht kommt) usw.
Zudem macht die Endingszene bzw die ganze Motivation für die Handlung von Re:coded keinen Sinn mehr.
Naminé hat die Nachricht im Tagebuch sicherlich erst am Ende ihrer Arbeit an Soras Erinnerungen hinterlassen, also schon 6 Tage nachdem Roxas digitalisiert wurde. Sie wird also wissen, dass Ven sich immernoch in Sora befindet.