Zu 1.): Der Prozess zum Erschaffen der X-Klinge birgt auch viele Unbekannte, man müsste erst ein reines Herz des Lichts und eines der Dunkelheit finden, diese müssten dann auch exakt gleich stark sein, und dann sich noch freiwillig kreuzen. Und wenn man es auf dem "künstlichen" Weg wie Meister Xehanort machen will, müsste die Person, aus deren Herz die Dunkelheit extrahiert wird, diesen Prozess überstehen, was bei Ventus zum Beispiel nicht der Fall gewesen wäre, wenn er nicht zufällig in Soras Nähe gekommen wäre. Aber ab dem Zeitpunkt der Verschmelzung geht es wirklich einfach, kann die X-Klinge anscheinend eben mal schnell alle Herzen der Welten vereinen und daraus Kingdom Hearts hervorbringen. Stimmt schon, dieser Weg hört sich immer noch simpler an, als der im ersten Teil, dort musste man schließlich sieben "spezielle" Herzen finden, für die X-Klinge nur zwei. Gut, vielleicht gibt es im Reich des Lichts keine Person mit einem "natürlichen" reinen Herz aus Dunkelheit, doch gibt es dann immer noch den "künstlichen" Weg, wofür man theoretisch so gut wie jedes Herz verwenden könnte.
Zu 2.): Wie du schon sagst, heißt es, dass man ein reines Herz des Lichts und ein reines Herz der Dunkelheit benötigt, und da es in BbS auf diese besondere Weise klappte, heißt das wohl nicht, dass es sich dabei um zwei "natürliche" Herzen handeln müssen, sprich es nicht unbedingt normale Personen sein müssen, die mit so einem Herz geboren wurden. Anscheinend geht es bei der Beschaffenheit der Herzen nur wirklich darum, dass sie rein aus Licht oder Dunkelheit sind (und beim Kreuzen gleich stark sind). In BbS wurde Ventus Herz entzweigeteilt, der Teil mit reiner Dunkelheit gefüllt manifestierte sich in einem Wesen, dem Xehanort den Namen Vanitas gab, der Teil mit reinem Licht gefüllt blieb bei Ventus. Und nachdem der Teil des Herzens in Ventus durch Soras Berührung geheilt wurde, konnte es als eigenständiges Herz durch Ventus Aufenthalt im Land des Aufbruchs und Reisen in den Welten erstarken, während der Teil in Vanitas als eigenständiges Herz durch Vanitas Aktionen erstarken konnte.
Zu 3.): Ursprünglich wollte Meister Xehanort Ventus als neue Hülle benutzen, weswegen er eben versuchte Ventus dazu zu bringen die Dunkelheit in ihm zu nutzen, um dann seinen Körper übernehmen zu können. Als das aber nicht klappte, weil Ventus sich schlicht dagegen sperrte, entschied sich Xehanort ihn eben für einen anderen Zweck zu verwenden, nämlich zum Erschaffen der X-Klinge.
Zu deiner letzten Frage kann ich schonmal sagen, dass an sich immer die Dunkelheit in seinem eigenen Herzen genutzt wird, die wie du schon gesagt hast bei manchen mehr bei anderen weniger stark ausgeprägt ist. Wie es sich allerdings verhält, wenn Wesen der Dunkelheit Körper und Herz von einem übernehmen, wie Xehanorts Herzloser bei Riku, oder man selbst zum Herzlosen wird, bin ich mir auch nicht sicher.