Ich hab mal die Fragen überflogen und hoffe auf ein paar Antworten geben zu können.
Xehanorts Erwachen am Anfang des Spiels:
Ich glaube eher dass das eine Rückblende ist, in der Xehanort (der nach BBS in Ansems Labor gebracht wurde) Ansames Labor und dessen Identität übernimmt - Also noch vor Kingdom Hearts 1. Das erkennt man vor allem daran, dass er Braigs Herz befreit und ihn so zu Xigbar macht und er sich Ansem nennt.
Soras und Rikus Zeitreise:
Beide existierten bereits auf den Inseln des Schicksals, deshalb konnte Yen Sid sie dorthin zurück schicken - sie haben ihre "erwachsenen" Körper zurückgelassen und sind deshalb in ihren "jungen" Körpern aus Kingdom Hearts 1 unterwegs. Die Reise war nötig, damit sie in eine Welt kamen, die zu dem Zeitpunkt in Dunkelheit versunken ist und sie so in eine schlafende Welt gelangen konnten, von der aus sie in andere schlafende Welten gelangten.
Deswegen ist Sora im Epilog auch in seiner KHII-Kleidung, da er nicht durch die Zeit gereist ist, sondern direkt die schlafende Welt besucht hat (die Kraft dazu wird er nach dem öffnen der sieben schlafenden Schlüssellöcher erhalten haben, so wie es Yen Sid am Anfang als den eigentlichen Zweck der Reise angibt).
Die Traumwelten:
Nicht die Reise ist ein Traum, sondern die schlafenden Welten träumen. Was geschieht sind also die Träume der Welten die dadurch "real" existieren, durch diese "realen Träume" reist Sora.
Soras und Rikus Trennung:
Der junge Xehanort erklärt Riku dass dieser, als sie das erste Schlüsselloch auf den Inseln des Schicksals öffneten, sich unbewusst in Soras Traum begeben hat und so zum Traumfänger wurde. Riku reist also in Soras Träumen. Das erklärt auch die Drop-Mechanik: Riku kann nur etwas tun, wenn Sora schläft und somit träumt.
Aquas Alter:
Wenn ich mich richtig erinnere hat Nomura mal gesagt dass jede Welt ihren eigenen Zeitfluss hat. In der Welt in der Aqua gefangen ist fließt die Zeit deutlich langsamer als in den anderen Welten - deshalb ist sie kaum gealtert.
Joshua:
Da Joshua ein Charakter aus The World Ends With You ist, muss man erklären was es in diesem Spiel mit ihm auf sich hat. Joshua stammt aus einer höheren "Ebene", der Ebene der Engel - daher auch die Flügel (die er auch im Originalspiel hat). Joshua ist zudem der "Komponist" des Undergrounds, den er nach seinen Regeln erschaffen hat - er ist dort praktisch Gott, was seine übernatürlichen Fähigkeitenund die Fähigkeit der Dimensionsreisen erklärt.
Mehr zu Joschua:
http://twewy.wikia.com/wiki/Joshua
Saix':
Er ist, wie die anderen Inkarnationen und Hüllen Xehanorts, durch die Zeit gereist. Genau wie die anderen verschwindet er als deren Zeit abgelaufen ist.
Ich hoffe das war aufschlussreich und einigermaßen plausibel.