Ja, Sora wird sie wahrscheinlich in späteren Teilen retten, aber das tut er nicht in BBS!
Und? Das ändert nichts daran, dass es deswegen nicht ernster ist als andere KH-Teile. Jeder hat es im Hinterkopf, dass Sora später kommt um alle zu retten, weshalb die alle erstmal von der Bildfläche verschwinden müssen, aber trotzdem weiß man "Ach, ist alles gar nicht so schlimm, am Ende werden die eh von Sora gerettet.". Im Endeffekt ist es so ähnlich wie die Entführung von Peach, nur etwas dramatischer dargestellt, trotzdem wissen wir alle, am Ende geht alles gut aus, der Held rettet die Welt und alle sind glücklich.
Da wird also gar nichts ernster, du kannst BBS nicht einfach abspalten von der ganzen Reihe und nur das allein betrachten, was das geheime Ende sogar ziemlich unmöglich macht.
Somit ist BBS nicht ernster als andere KH-Teile.