Hmm, das ist seltsam. Spielst du auf PS3 oder auf PS4?
In der PS4-Version gibt es nämlich keine Trophäen für 358/2 Days (auch für Coded nicht, afaik).
Falls du auf der PS3 bist:
Meine erste Idee wäre, dass du die Trophäen alle hast, aber keine Benachrichtigung bekommen hast. Schau mal in deinen Trophäen nach, ob sie tatsächlich fehlen.
Ansonsten musst du probieren, da Spiel-Daten (nicht deine Game-Saves) zu löschen und dann das Spiel neu zu starten.